دریای خزر به شدت با پسماندهای شهری، نفتی و بیمارستانی آلوده شده و فاضلاب شهرها هم به این دریاچه می‌ریزد. اکوسیستم این دریاچه در سال‌های اخیر به شدت تخریب شده و برخی از گونه‌های جانوری آن مانند فوک خزر در معرض انقراض قرار گرفته‌اند این در حالی است که به گفته نمایندگان مجلس همت ملی برای رفع این آلودگی‌ها وجود ندارد.